深圳市南方電子口岸有限公司是按照國務院“大通關”會議以及《海關總署與深圳市人民政府關于合作建設深圳電子口岸的備忘錄》等有關文件精神，為推動深圳市現代物流業的進一步發展，優化物流產業環境，全面提高通關效率和物流業服務水平，由海關總署、深圳市政府和深圳海關推薦代表機構共同出資成立的經濟實體，屬國資企業。
公司注冊資金1000萬元，主要負責深圳電子口岸平臺的建設和運營工作。主營業務是以深圳周邊的進出口加工企業、物流企業和港口企業為主要服務對象，以口岸物流通關信息和電子商務統一平臺的設計、開發和運營為核心，涉及口岸物流和國際貿易兩大行業內各個環節（包括海關、其它政府部門和企業）的信息技術開發和應用服務，努力構筑聯接政府/政府、政府/企業、企業/企業的統一公共信息平臺，促進信息技術在國際經貿領域各方面的應用和發展。
公司將通過整合深圳市原有EDI通關服務業務、市場和客戶資源，形成更強大的技術、管理和服務團隊，同時，還將配合深圳海關通關作業改革，陸續開發出適應新的通關作業需求的物流通關服務項目，以更先進便捷的手段為更多的用戶提供一流的服務。
在未來幾年內，公司將努力把深圳電子口岸平臺建設成為一個門戶入網、一次認證登錄和一站式服務等功能、集口岸通關執法管理及相關物流商務服務為一體的大通關統一信息平臺，使口岸執法管理更加嚴密、高效，使企業進出口通關更加有序、便捷，全面提升深圳物流產業綜合競爭力。